如何获得与Specs ID对应的结构（经验之谈）

2004-6-15

在虚拟筛选结束后，需要订购Specs公司的化合物时，大家往往犯愁，手头只有一堆Specs ID，没有相应的2D结构。通常，可以通过DDDC-Server(202.127.19.69)上的Specs库（见附件specs2003.db，访问密码和其它Host DB一样）进行查询。

不过，查询时，往往会碰到两个问题：
（1）有的Specs ID在DDDC－Server上的Specs库中找不到；
（2）Specs ID较多时，一条一条的查询太慢。不过，这两个问题都有合适的解决办法。

下面逐一介绍。

（1）有的编号在DDDC－Server上的Specs库中找不到
使用Specs网站（www.specs.net）提供的查询服务，可以找到所有Specs ID对应的结构，并能将查询结果以SDF文件下载。要使用Specs网站的查询服务，首先要注册；注册时，最好使用分院的邮箱地址（Hotmail似乎不行）；注册一般在2天后生效；如果你不想注册，可以使用我曾经申请的一个帐号。

如果需要查询的条目较少，可以逐一查询，步骤：登录后，点击“Chemistry Search”->ID Search；填入Specs ID，网页返回查询结果，在网页上找到“Download SD file”，点击下载SDF。
如果有较多条目待查，则应使用ID list import，该方法利用Specs库中化合物的IDNumber列表（列表格式见附件specs.txt）。步骤：登录后，点击“Chemistry Search”->ID list import；上传列表后，网页返回查询结果，点击“View Results”按钮，进入结果列表，在网页上找到“Download SD file”，点击下载SDF。最后，将SDF导入到一个空白的Local DB（见附件specs_blank.db）即可。

（2）Specs ID较多时，一条一条的查询太慢
使用ISIS/Base的List（列表）功能，或着在Specs网站上提交ID List。
ISIS/Base的List－－将需要查询的Specs编号按照一定格式，编辑成为一个文本文件（后缀名最好取为ISIS/Base默认的.lst,格式见附件example.lst，非常简单）。用ISIS/Base打开specs2003.db，点击“File->Import->List”,导入List文件后，很快，结果就会显示，直接获得你需要的子库。虽然DDDC-Server上的记录已经很多（现在共有281099条2D记录），但是，没有Specs网站上的完整。

好了，就讲这么多了。

最后，如果大家发现了specs2003.db中没有的IDNumber，请Email这样的IDNumber给我，我把它添加到Specs Host DB中。

Q&A:
（1）为什么我从specs网站上下载的SDF无法导入到空白的Local DB中？
请注意你存放sdf文件的位置，如果sdf所在位置的完整目录名称包含中文，则无法导入。类似的问题在导入list时可能也会发生，所以，大家要注意中文目录名是否存在。
（2） 如何将SDF导入DB中去？