中国科学院上海药物研究所药物发现与设计中心(Drug Discovery and Design Center,简称DDDC)的主要研究方向是以创新药物先导结构的发现与优化为目标,开展相应的计算模拟方法及应用研究,主要研究领域包括化合物计算生物学、生物信息学、基于重要疾病靶标的药物发现及设计、药物发现与设计方法、ADME/T预测方法等研究领域的基础及应用基础研究。中心的计算平台功能包括分子动力学模拟、拉伸分子动力学模拟、从头计算分子动力学模拟、量子化学计算、虚拟筛选、化合物类药性及毒性分析、组合库设计、反向分子对接、蛋白-蛋白相互作用预测等功能。中心建立的基于国产超级计算机的分子模拟和高通量虚拟筛选平台已被国内部分院校和研究所应用于生物大分子模拟和药物设计研究,药物设计的部分成果现已进入产业化开发阶段。近年来,中心还致力于药物设计软件包和基于网格计算的药物设计平台的开发,该平台成功地连接了上海、北京、香港等地的超级计算机和集群计算机,可同时应用上万个CPU进行药物设计研究,大大提高药物设计的效率。
  目前DDDC拥有七个研究课题组,成员包括博士生导师7人,其中院士1名、国家杰出青年基金获得者1名,中科院“百人计划”项目获得者4名,副研究员、研究助理及博士后等近20名,在读研究生60多名,毕业生在国内外高校、研究所及制药企业的创新药物研究中发挥了重要的作用。
  DDDC正在主持承担的在研项目包括国家973项目、863项目、国家重大新药创制专项课题、国家自然科学基金委创新研究群体项目、中科院重大项目等一系列药物发现与设计项目和课题。与美、英、德、日、韩和以色列等国建立了广泛的合作关系。研究结果已在Science、Nature、PNAS、JACS、JBC、JMB、Biophys. J.、J. Med. Chem.、Bioinformatics等刊物上发表研究论文200余篇,曾获得国家自然科学奖二等奖及上海市科学技术进步奖一等奖等多项奖项。陈凯先院士、蒋华良研究员等曾获得何梁何利科学与科技进步奖和中国青年科学家奖等奖项。